Το Γενικό Επιτελείο Ναυτικού (ΓΕΝ), είναι το επιτελικό όργανο, το οποίο βοηθάει τον Αρχηγό του ΓΕΝ στην άσκηση των καθηκόντων του, σε καιρό ειρήνης και πολέμου, και, μέσω αυτού, τον Υπουργό Εθνικής Άμυνας (ΥΕΘΑ) στην άσκηση Διοίκησης και Ελέγχου πάνω στο προσωπικό, το υλικό και τα μέσα του Πολεμικού Ναυτικού.

Το ΓΕΝ είναι επίσης, ένα από τα κύρια επιτελικά όργανα των Ενόπλων Δυνάμεων (Ε.Δ.) – και μάλιστα το κατ’ εξοχήν αρμόδιο για τη Ναυτική Ισχύ – με τα οποία συντελείται η διαμόρφωση και ενάσκηση της Εθνικής Στρατηγικής, ο προγραμματισμός ανάπτυξης των δυνάμεων, η διάθεση των πόρων και του ανθρώπινου δυναμικού, η οργάνωση και εκπόνηση των πολεμικών σχεδίων, η εκπαίδευση, η επιστημονική έρευνα και η αμυντική παραγωγή. Η διαμόρφωση της Εθνικής Στρατηγικής και η εφαρμογή των προγραμμάτων ανάπτυξης των Ε.Δ. εισάγονται στο ΣΑΓΕ, για την υποβολή γνωματεύσεων προς τον ΥΕΘΑ και την τελική έγκρισή τους.