Ο θυρεός απεικονίζει την άγκυρα, ως πρωτεύον θέμα, που υποδεικνύει την ταυτότητα της Υπηρεσίας Ναυτονομίας (ΥΝΑ) ως Υπηρεσία του Πολεμικού Ναυτικού και τον πάπυρο με αναγραφόμενο επί αυτού το ρητό «ΤΟΙΣ ΝΟΜΟΙΣ ΦΥΛΑΤΤΕΙΝ» προκειμένου να αποτυπωθεί μέσω του ως άνω ρητού, η αποστολή της ΥΝΑ για την τήρηση των νόμων του κράτους και των κανονισμών του Πολεμικού Ναυτικού. Η δε χρήση του παπύρου, συμβολίζει την αρχαία προέλευση του ρητού.

Η αποστολή της Υπηρεσίας Ναυτονομίας (ΥΝΑ), είναι να εκτελεί επιτήρηση της περιοχής ευθύνης της για τα θέματα της αρμοδιότητάς της προβαίνοντας:

α. Σε επιτόπια έρευνα, στις περιπτώσεις τροχαίων ατυχημάτων, στα οποία εμπλέκονται υπηρεσιακά οχήματα του ΠΝ και δεν υφίσταται τραυματισμός, για την καταγραφή των συνθηκών του τροχαίου ατυχήματος και τη διοικητική αξιολόγηση της υποθέσεως, από τις αρμόδιες προς τούτο υπηρεσίες του ΠΝ.

β. Στον έλεγχο εφαρμογής των καθοριζομένων, από τους κανονισμούς των Ενόπλων Δυνάμεων (ΕΔ), σε ότι αφορά στην τάξη, πειθαρχία και κανονική παράσταση του στρατιωτικού προσωπικού, καθώς και στην κυκλοφορία των Υπηρεσιακών οχημάτων του ΠΝ, με σκοπό την ουσιαστική συμβολή στο Διοικητικό Έλεγχο και στην ασφάλεια προσωπικού και υλικού.