Το Τ.Ε.Σ. υπάγεται στην Ανώτατη Διοικούσα Επιτροπή του σύμφωνα με τον Ν. 2448/1996 (ΦΕΚ 279 / Α’ τεύχος / 31.12.1996). Με την υπ’ αριθμ. 2515/1979 Απόφαση του ΣτΕ, το Τ.Ε.Σ. έχει τον νομικό χαρακτήρα της Δημόσιας Αποκεντρωμένης Υπηρεσίας που λειτουργεί με την μορφή Ειδικού Ταμείου και απαλλάσσεται από την καταβολή φόρων και τελών χαρτοσήμου. Σύμφωνα με το Μητρώο Υπηρεσιών και Φορέων της Ελληνικής Διοίκησης το Τ.Ε.Σ. αποτελεί Αυτοτελή Δημόσια Υπηρεσία του ΥΠΕΘΑ, το οποίο στελεχώνεται από προσωπικό (Στρατιωτικό και Πολιτικό) του Π.Ν.

Το Τ.Ε.Σ. εποπτεύεται από:

•  Το ΓΝΩΜΟΔΟΤΙΚΟ ΣΥΜΒΟΥΛΙΟ (Πρωτοβάθμιο όργανο) το οποίο αποτελείται από: 

1. Τον Αρχηγό Γ.Ε.Ν. 
2. Το Νομικό Σύμβουλο Κράτους παρά τω Υ.ΕΘ.Α. 
3. Το Διευθυντή Γ’ Κλάδου Γ.Ε.Ν. 
4. Το Διευθυντή Τ.Ε.Σ. 
5. Το Διευθυντή Γ.Ε.Ν./Δ1. 
6. Το Διευθυντή Γ.Ε.Ν./Ε1.

Το Γνωμοδοτικό Συμβούλιο είναι αρμόδιο να γνωμοδοτεί σε πρώτο βαθμό για τη σύνταξη και υλοποίηση του Προϋπολογισμού του και για κάθε ενέργεια, που αφορά εκποίηση ή μετατροπή της περιουσίας του Ταμείου, μίσθωση ακινήτων, συμβιβασμό, απαλλοτρίωση και γενικά περί αναλήψεως υποχρεώσεων ή απαλλαγών από αυτές.

•  ΑΝΩΤΑΤΗ ΔΙΟΙΚΟΥΣΑ ΕΠΙΤΡΟΠΗ (Δευτεροβάθμιο όργανο) η οποία αποτελείται από:

1.  Τον Υπουργό Εθνικής Άμυνας. 
2.  Τον Υπουργό Οικονομικών. 
3.  Τον Αρχηγό ΓΕΝ.

Η Ανωτάτη Διοικούσα Επιτροπή αποφασίζει επί θεμάτων που σχετίζονται με την περιουσιακή κατάσταση του Ταμείου (αγορά – πώληση – ανοικοδόμηση ακινήτων, διάθεση κεφαλαίων για αγορά χρηματιστηριακών τίτλων, διάθεση πιστώσεων για υλοποίηση του σκοπού του Τ.Ε.Σ.).

Το ΤΕΣ διευθύνεται από Ανώτατο Αξιωματικό του Οικονομικού ο οποίος αναφέρεται στα Όργανα διοικήσεως του Τ.Ε.Σ. δηλ. το Γνωμοδοτικό Συμβούλιο και την Ανωτάτη Διοικούσα Επιτροπή .

•  Στον Διευθυντή του Τ.Ε.Σ., μέσω του Υποδιευθυντή, υπάγονται:

1.  Τμήμα Κληροδοτημάτων

      1α. Γραφείο Κληροδοτημάτων

      1β. Γραφείο Εκμισθώσεως Ακινήτων

2.  Τμήμα Ανοικοδομήσεων.
3.  Τμήμα Λογιστηρίου.

     3α. Γραφείο Έκδοσης Χρηματικών Ενταλμάτων
    

4.  Το Γραφείο Χρηματικής Διαχείρισης