Ο Ιωάννης Ηπίτης γεννήθηκε στην Αθήνα το 1867.  Εισήλθε στη Σχολή Ναυτικών Δοκίμων στις 20 Μαΐου 1884 και αποφοίτησε στις 18 Ιουνίου 1888 ως μάχιμος Σημαιοφόρος. Προήχθη σε Ανθυποπλοίαρχο στις 8 Ιανουαρίου 1890, σε Υποπλοίαρχο στις 26 Μαΐου 1895, σε Πλωτάρχη στις 6 Μαΐου 1905, σε Αντιπλοίαρχο στις 29 Μαΐου 1910, σε Πλοίαρχο στις 2 Ιουνίου 1913 και σε Υποναύαρχο στις 14 Απριλίου 1914.

Στις 20 Οκτωβρίου 1917, μετά την επικράτηση του Ελευθερίου Βενιζέλου τον Ιούνιο του 1917 και ύστερα από τετράμηνη διαθεσιμότητα, αποστρατεύθηκε ως Υποναύαρχος εν αποστρατεία. Στις 6 Νοεμβρίου 1920, μετά τη Μεταπολίτευση του Νοεμβρίου του 1920, επαναφέρθηκε στη μόνιμη υπηρεσία ως μηδέποτε αποστρατευθείς. Στις 16 Ιανουαρίου 1923, ύστερα από την Επανάσταση του Σεπτεμβρίου του 1922 και έπειτα από νέα διαθεσιμότητα, αποστρατεύθηκε ως Αντιναύαρχος εν αποστρατεία. Στις 10 Φεβρουαρίου 1923 του απονεμήθηκε ο βαθμός του Αντιναυάρχου εν αποστρατεία. Στις 10 Οκτωβρίου 1946 ανακλήθηκε στην ενέργεια με τον βαθμό του Αντιναυάρχου και το 1947, επαναφέρθηκε στην εφεδρεία.

Υπηρέτησε σε πλοία επιφανείας, καθώς και σε επιτελικές και διοικητικές θέσεις. Χρημάτισε καθηγητής στη Σχολή Ναυτικών Δοκίμων κατά τις περιόδους 1903–1905 και 1915–1916, με αντικείμενο διδασκαλίας τον ηλεκτρισμό. Διετέλεσε Υποδιοικητής της Σχολής Ναυτικών Δοκίμων κατά την περίοδο 1904–1905, με τον βαθμό του Πλωτάρχη, και κατά την περίοδο 1906–1907, με τον βαθμό του Αντιπλοιάρχου. Κατά την περίοδο 1911–1912 διετέλεσε Διοικητής της Σχολής Ναυτικών Δοκίμων, με τον βαθμό του Αντιπλοιάρχου. Το 1912 διετέλεσε επίσης Κυβερνήτης του αντιτορπιλικού ΝΙΚΗ, με τον ίδιο βαθμό.

Κατά τους Βαλκανικούς Πολέμους υπηρέτησε ως Διοικητής της Α΄ Ομάδας Αντιτορπιλικών και, παράλληλα, ως Κυβερνήτης του αντιτορπιλικού ΣΦΕΝΔΟΝΗ κατά την περίοδο 1912–1913, με τον βαθμό του Αντιπλοιάρχου. Με το πλοίο αυτό έλαβε μέρος στις πολεμικές επιχειρήσεις, στις οποίες περιλαμβανόταν η ναυμαχία της Λήμνου στις 5 Ιανουαρίου 1913. Στο τέλος του Α΄ Βαλκανικού Πολέμου ανέλαβε καθήκοντα Κυβερνήτη του θωρηκτού ΥΔΡΑ κατά την περίοδο 1913–1914, με τον βαθμό του Αντιπλοιάρχου.

Μετά την επάνοδό του στο Ναυτικό διετέλεσε, με τον βαθμό του Υποναυάρχου, Αρχηγός του Γενικού Επιτελείου Ναυτικού κατά την περίοδο 1920–1921. Κατά τη Μικρασιατική Εκστρατεία διετέλεσε Αρχηγός του Στόλου κατά την περίοδο 1921–1922 και Αρχηγός του Θωρηκτού Στόλου το 1922. Το 1947, κατά την ανάκλησή του στην ενέργεια από την εφεδρεία, υπήρξε μέλος του Συμβουλίου Αποσυμφόρησης Στελεχών του Ναυτικού, με τον βαθμό του Υποναυάρχου.

Το 1950 χρημάτισε Υφυπουργός των Ναυτικών στην κυβέρνηση του Ι. Θεοτόκη. Κατά την περίοδο 1936–1941 διετέλεσε Πρόεδρος της Ελληνικής Θαλάσσιας Ένωσης, ως Αντιναύαρχος εν αποστρατεία.

Συνέγραψε τα παρακάτω πονήματα:

• Μαθήματα Ηλεκτρισμού (1903–1905 και 1915–1916).
• Περί Αυτοκινήτων Τορπιλών.

Απεβίωσε στην Αθήνα στις 20 Σεπτεμβρίου 1956