Ο Αγησίλαος Γέροντας γεννήθηκε στην Αθήνα στις 27 Σεπτεμβρίου 1873. Εισήλθε στη Σχολή Ναυτικών Δοκίμων στις 2 Σεπτεμβρίου 1887 και αποφοίτησε στις 31 Αυγούστου 1891 ως μάχιμος Σημαιοφόρος. Προήχθη σε Ανθυποπλοίαρχο στις 19 Απριλίου 1898, σε Υποπλοίαρχο στις 27 Φεβρουαρίου 1901, σε Υποπλοίαρχο Α΄ Τάξεως στις 16 Οκτωβρίου 1910, σε Πλωτάρχη στις 29 Μαρτίου 1910, σε Αντιπλοίαρχο στις 2 Ιουνίου 1913 και σε Πλοίαρχο στις 7 Φεβρουαρίου 1915.

Στις 14 Σεπτεμβρίου 1916 τέθηκε σε διαθεσιμότητα ως «βενιζελικός». Επανήλθε στην ενέργεια στις 22 Ιουνίου 1917, μετά την επικράτηση του Ελευθερίου Βενιζέλου τον Ιούνιο του 1917, και στις 4 Μαρτίου 1924 προήχθη σε Υποναύαρχο.

Στις 8 Ιουλίου 1924 αποτάχθηκε με αφορμή την εμπλοκή του στο ζήτημα της «Απεργίας του Ναυτικού» τον Ιούνιο του 1924 και τη ρήξη του με τον Υπουργό των Ναυτικών, Πλοίαρχο Α. Χατζηκυριάκο (Α.Μ. 80). Στις 8 Οκτωβρίου 1926 αποκαταστάθηκε και επανήλθε στη μόνιμη υπηρεσία με τον βαθμό του Υποναυάρχου, ως μηδέποτε απομακρυνθείς. Στις 22 Οκτωβρίου 1926 αποστρατεύθηκε ως Υποναύαρχος ε.α. Τέλος, στις 17 Μαΐου 1934, του απονεμήθηκε ο βαθμός του Αντιναυάρχου ε.α. Μετεκπαιδεύθηκε στο εξωτερικό κατά τα έτη 1896–1897 και 1906–1907.

Υπηρέτησε σε πλοία επιφανείας, καθώς και σε επιτελικές και διοικητικές θέσεις. Χρημάτισε καθηγητής στη Σχολή Ναυτικών Δοκίμων κατά τα έτη 1908–1909. Έλαβε μέρος στον Ελληνοτουρκικό Πόλεμο του 1897 επί του τορπιλοβόλου 12, το οποίο ανήκε στην Ανατολική Μοίρα. Στη συνέχεια, διατέλεσε Κυβερνήτης του τορπιλοβόλου 16 το 1900, με τον βαθμό του Ανθυποπλοιάρχου.

Συμμετείχε στο Κίνημα του Στρατιωτικού Συνδέσμου τον Αύγουστο του 1909, με τον βαθμό του Υποπλοιάρχου, καθώς και στο Κίνημα του Υποπλοιάρχου Κωνσταντίνου Τυπάλδου τον Οκτώβριο του 1909, επίσης με τον βαθμό του Υποπλοιάρχου.

Έλαβε μέρος στις επιχειρήσεις του Α΄ Βαλκανικού Πολέμου, περιλαμβανομένων εκείνων για την απελευθέρωση της Λέσβου και της Χίου τον Νοέμβριο του 1912, ως Κυβερνήτης του αντιτορπιλικού ΚΕΡΑΥΝΟΣ κατά τα έτη 1912–1913, με τον βαθμό του Πλωτάρχη. Ακολούθως, με τον βαθμό του Αντιπλοιάρχου, διατέλεσε Κυβερνήτης του ελαφρού καταδρομικού ΕΛΛΗ το 1914 και Διευθυντής Τεχνικών Υπηρεσιών το 1914 και το 1915. Ως Πλοίαρχος διατέλεσε Αρχιεπιστολέας του Αρχηγού του Στόλου το 1915, Κυβερνήτης του θωρηκτού ΚΙΛΚΙΣ το 1916 και, εκ νέου, Διευθυντής Τεχνικών Υπηρεσιών κατά τα έτη 1917–1918.

Κατά τη διάρκεια της Μικρασιατικής Εκστρατείας υπηρέτησε, πάντοτε με τον βαθμό του Πλοιάρχου, ως Υπασπιστής του Βασιλιά Αλεξάνδρου κατά τα έτη 1919–1920, Διοικητής της Σχολής Ναυτικών Δοκίμων το 1920 και εκ νέου Κυβερνήτης του ΚΙΛΚΙΣ το 1920, με το οποίο έλαβε μέρος στις ναυτικές επιχειρήσεις. Τον Σεπτέμβριο του 1922, ως Πλοίαρχος, συνόδευσε το βασιλικό ζεύγος, Κωνσταντίνο Α΄ και Σοφία, μέχρι το Παλέρμο της Ιταλίας, κατά τη δεύτερη εξορία τους μετά την Επανάσταση του Σεπτεμβρίου του 1922, επιβαίνοντας στο επίτακτο ΠΑΤΡΙΣ.

Προσχώρησε στην Επανάσταση του Σεπτεμβρίου του 1922 ως Πλοίαρχος σε διαθεσιμότητα και, μετά την επικράτησή της, υπήρξε μέλος της πενταμελούς Επαναστατικής Επιτροπής, σε αντικατάσταση του αποχωρήσαντος Αντιπλοιάρχου Δημήτριου Φωκά  Διατέλεσε Αρχηγός του Γενικού Επιτελείου Ναυτικού κατά τα έτη 1922–1924, αμέσως μετά την Επανάσταση του Σεπτεμβρίου του 1922. Χρημάτισε Υπουργός Συγκοινωνίας και, συγχρόνως, Εμπορικής Ναυτιλίας από τις 12 Απριλίου 1943 έως τις 18 Οκτωβρίου 1944, στην κυβέρνηση Ι. Ράλλη.

Τον Αύγουστο του 1920 τιμήθηκε με τον Πολεμικό Σταυρό Α΄ Τάξεως για «τὰς ὑπηρεσίας ἃς προσέφερε κατὰ τὰς ἐν Μικρᾷ Ἀσίᾳ ἐπιχειρήσεις».

Απεβίωσε στις 17 Ιανουαρίου 1962.