Βάσει του ισχύοντος ΚΟΛ/ΝΝΑ το ΝΝΠ λειτουργεί ως Παράρτημα του ΝΝΑ

Διευθύνεται από Πλοίαρχο (ΥΙ) με Διευθύνουσα βαθμού Ανωτέρου Αξιωματικού (ΥΝ).

• Από το 1981 το Ναυτικό Νοσοκομείο Πειραιώς λειτούργησε κατά περιόδους και λειτουργεί έως σήμερα σαν έδρα της ΑΝΥΕ.

• Από το 2002 λειτουργούν κανονικά Εξωτερικά Ιατρεία και Εργαστήρια για εξυπηρέτηση των δικαιούχωνπου φαίνονται στον ΠΙΝΑΚΑ

• Εκτελείται Έλεγχος Βιβλιαρίων Υγείας των δικαιούχων