Η ιστορία της ιδρύσεως και της λειτουργίας της ΣΥΒ αρχίζει με την παραλαβή και τον κατάπλου του πρώτου Υποβρυχίου το 1912.

Από 5-10-1912 που κατέπλευσε στην Ελλάδα το Υ/Β ΔΕΛΦΙΝ μέχρι και το 1919 που παροπλίσθηκαν τα Υ/Β ΔΕΛΦΙΝ και ΞΙΦΙΑΣ, η εκπαίδευση αυτών που θα υπηρετούσαν στα Υ/Β γινόταν μέσα σε αυτά με μέριμνα των ιδίων. Μετά το τέλος του Σχολείου οι μαθητές έδιναν, προφορικές εξετάσεις και στη συνέχεια, εάν κρίνονταν ικανοί τοποθετούνταν στα Υ/Β.

Από το 1919 μέχρι το 1927 στο ΠΝ δεν υπήρχαν Υ/Β . Από το 1927 μέχρι το 1930 παρελήφθησαν και αφίχθηκαν στον ΝΣ τα 6 Υ/Β γαλλικής κατασκευής, δύο τύπου «ΚΑΤΣΩΝΗΣ» και τα τέσσερα τύπου «ΠΡΩΤΕΥΣ», οπότε δημιουργήθηκε η ανάγκη επαναλειτουργίας της Σχολής.

Το 1930 άρχισε να λειτουργεί η Σχολή Υποβρυχίων σε μόνιμη βάση, στον ΝΣ, με πρώτο Διοικητή τον Υποπλοίαρχο Κωνσταντίνο Γκιόκα. Η σχολή διέκοψε τη λειτουργία της στη Σαλαμίνα κατά τη διάρκεια της γερμανικής Κατοχής (27/4/1941 έως 10/5/1945), αλλά λειτούργησε στην Αλεξάνδρεια, στο συνοδό πλοίο Υ/Β «ΚΟΡΙΝΘΙΑ».

Το 1945 η Σχολή εγκαταστάθηκε σε μόνιμη βάση και πάλι στον ΝΣ και άρχισε η εντατική λειτουργία της, για την προετοιμασία τεσσάρων (4) πληρωμάτων Υ/Β τύπου «ΠΙΠΙΝΟΣ», ώστε να καταστεί δυνατή η παραλαβή των Υ/Β αυτών.

Μέχρι και σήμερα που πλέον στεγάζεται στο νέο κτίριο «ΜΑΤΡΩΖΟΣ», στη θέση του ομώνυμου παλαιού, έχει επωμιστεί και εκτελεί με επιτυχία το σοβαρό έργο της εκπαίδευσης των πληρωμάτων των Υ/Β.